天之日矛の四代の子孫である多遅麻毛理（たぢまもり）を祀る神社。 第十一代垂仁（すいにん）天皇は、配下の多遅麻毛理（たぢまもり）に命じ、不老不死の非時香菓（ときじくのかぐのこのみ）を求めさせました。多遅麻毛理は、ついに常世（とこよ）国に至り、非時香菓を持ち帰ったのですが、時すでに遅く、垂仁帝は崩じられていました。その御陵（みささぎ）に多遅麻毛理は非時香菓（ときじくのかぐのこのみ）を献じ叫び哭いて亡くなられました。非時香菓（ときじくのかぐのこのみ）は、いまの「橘」とされています。 これを、菓子のはじまりとし、多遅麻毛理を菓祖神と崇められるようになりました。
多遅麻毛理（たぢまもり）は後の神功皇后（じんぐうこうごう）＝第十五代応神天皇（おうじんてんのう）の母の母である葛城之高額比賣（かつらぎのたかぬかひめ）の伯父にあたります。

日本で唯一コウノトリにゆかりのある神社。 古来、コウノトリの飛来地であったこの地を、その古称である鵠（くぐい）に因んで久々比と呼び神社の名としたのが始まりとされます。鵠は古来から瑞鳥とされてきました。
『古事記』では、十一代垂仁天皇の皇子本牟智和気王（ほむちわけのみこ）の逸話の中で、鵠が登場します。
炎の中で生まれ、直後に母を失った本牟智和気王は成長しても言葉を発することができず、父である垂仁天皇は、そのことを深く憂いていました。
ある日、天皇が二股に分かれた杉をくりぬいて作った小船を池に浮かべ皇子を連れて遊んでいたところ、空高く飛ぶ鵠の声を聞き、本牟智和気王は始めて言葉を発しようとしました。
それを見た天皇は、鵠を捕えるように命じます。『古事記』では鵠は各地を飛び回る中で但馬に飛来し、越国で捕まったとしますが、『日本書紀』では出雲あるいは但馬で捕えたと記されています。
神社の祭神は、現在は木の神である久々能智命（くくのちのみこと）とされていますが、鵠を捕えた天湯河板挙命（あめのゆかわたなのみこと）を祀っていたともされています。本殿は室町時代中期、永正4年（1507）に再建されたもので、国の重要文化財に指定されています。